Il museo nasce nel 1857 con la donazione alla collettività di alcune pregevoli collezioni naturalistiche, arricchite in seguito da altre di archeologia preistorica, etnografia, culture extraeuropee, etc. Tra i donatori la figura più significativa, cui è intitolato il museo, è quella di Giuseppe Scarabelli, iniziatore degli studi di preistoria italiana e pioniere della geologia dell’Appennino, oltre che rilevante personalità in campo politico e civile. Il museo è stato riaperto nel 1995 dopo lavori di catalogazione e restauro, condotti nel rigoroso rispetto dell’interessante allestimento museografico ottocentesco di matrice positivistica, uno dei pochissimi ancora conservati in Italia. Le sezioni sono dedicate a: preistoria, geologia e paleontologia, malacologia, zoologia, entomologia, botanica, culture extraeuropee, strumenti scientifici. Quella di geologia e palentologia è la sezione più vasta del museo, in cui sono conservati entro scatoline migliaia di fossili, rocce e minerali, disposti nelle vetrine secondo l’ordinamento stratigrafico conferito da Giuseppe Scarabelli nel secolo XIX, solo leggermente modificato da Domenico Sangiorgi negli anni 1930. Il nucleo principale è costituito dalle collezioni di geologia e paleontologia italiane legate all’attività di Scarabelli: si tratta di 5694 campioni di rocce e fossili dall’Appennino, dalle Alpi e dalle isole, ancora suddivisi per giacimenti e aree di provenienza.